La respuesta inmune frente a esta infección por E. histolytica está dada, principalmente, por inmunidad innata inespecífica.
El principal mecanismo de defensa es la secreción de mucina y, una vez éste es sorteado, se facilita el proceso de invasión.
Los neutrófilos infiltran la mucosa luego de la liberación de IL8 por las células epiteliales intestinales, la cual es inducida por el trofozoíto. El reconocimiento del parásito se logra por medio de receptores.
El parásito puede variar sus patrones moleculares asociados al patógeno y no ser detectada. Esto lleva a que el macrófago no pueda fagocitar adecuadamente los trofozoítos ya que no se pueda iniciar una respuesta inmune específica, la cual, si ocurre, lleva a la producción de IgA (inmunoglobulinas A) de mucosas y de IgG que posee la capacidad neutralizante, de fijar complemento, de unirse a células NK y a macrófagos (opsonización) y son capaces de atravesar las membranas biológicas
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